翡翠上有黑点通常是自然形成的矿物晶体状态，是自然现象。翡翠是由以硬玉为主的无数细小纤维状矿物微晶纵横交织而形成的致密块状集合体，主要组成物为硅酸铝钠NaAl9（Si2O6），宝石矿中含有超过50%的硅酸铝钠才被视为翡翠），往往伴生在蓝闪石、白云母、硬柱石（二水钙长石）、霰石和石英。

翡色系他色，与含铁矿物类别息息相关。含铁矿物呈显微质点—超显微质点状吸附在硬玉晶粒间、解理纹中。水纤铁矿呈显宝石红色，水针铁矿呈显浅褐黄色，纤铁矿呈显红褐色，针铁矿呈显褐、黄色，水赤铁矿呈显红色，由于矿物成分差异形成翡色不同。翡翠原石的翡色玉种是由硬玉矿物为主伴氧化铁质浸染的玉石，硬玉结晶呈中—粗晶、微—细晶、显微晶柱状集合体，变晶作用下可形成纤维状、粒状。

翡色是翡翠原石在不同地质作用下的产物，铁质来源有次生、原生两类。”老山玉”系河床中之砾石，长期深埋在砂砾粘土层中，在风化作用下受砂砾粘土层影响，形成氧化”皮壳”，其中红褐色系列”皮壳”属次生铁质浸染所致。”新山玉”系矿床中出”新”料，沿岩石裂隙处常形成一条红褐色系列色带，属次生铁质浸染所致。在致密的翡翠原石中产生的翡色，多形成于变晶作用阶段铁质富集所致，应属原生铁质浸染所致。在翡翠的表面上有小黑点是比较正常的，这恰好说明这样的翡翠是没有经过化学处理的，而且，也没有经过人工处理，色泽是天然的，用肉眼观察虽然可能会影响到美观，但是，依旧会让人觉得不扎眼，如果处理得当的话，那么，这些小黑点可能会称为画龙点睛之笔。

翡翠原石含铁量过高是无法避免的，翡翠原石是大自然的矿物，在生长的过程中其生长的环境以及条件都无法挑选，而翡翠原石含铁量过高恰恰能证明翡翠原石作为天然的标志。