1、硬度不同

玛瑙也作码瑙、马瑙、马脑等，是玉髓类矿物的一种，通常是混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，硬度为6.5-7度。而墨玉，是一种珍贵而稀有的自然资源，产于新疆维吾尔自治区和田县的墨玉，其色重质腻，纹理细致，漆黑如墨，光洁可爱，极负盛名，其硬度为Mohs4o左右，素为治砚、刀工之上佳珍料，古人将其与钻石、宝石、和田墨玉并称为“贵美石”。

2、质地不同

玛瑙是一种玉髓，属于未成玉的晶体矿物，常混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，硬度为6.5-7度，密度为2.6-2.7，折射率为1.53-1.54。玛瑙是水晶类宝石，透光性较好，颗粒细腻，比较难雕刻，但可以雕刻很细的线条。而墨玉，是一种珍贵而稀有的自然资源，其硬度为Mohs4o左右，素为制砚、刀工之上佳珍料，古人将其与钻石、宝石、和田墨玉并称为“贵美石”。

3、纹理不同

玛瑙有各种天然形成的纹理，形状、走势和粗细都不规律，构成的图案姿态各异，可分为缠丝玛瑙、条纹玛瑙、苔纹玛瑙、火玛瑙和缟玛瑙等。其中，红玛瑙是各色玛瑙的上品，在《格古要论》中有“玛瑙无红一世穷”的说法。而墨玉的品质相对纯净，很少有纹理。而且，越纯净的墨玉，且无瑕疵、无裂缝、无纹理的，它的品质就越好。

4、颜色不同

玛瑙的颜色，很鲜明、艳丽，形态千差万别，颜色条带很明显，分布也很均匀。从切开的剖面，可以看到由灰、白、红、绿、淡褐和淡蓝等不同颜色，组成的同心圆状、波纹状、层状或平行条带状。故有“千种玛瑙万种玉”之说。而墨玉的颜色，通常比较简单，在同一块玉石中，只有一种或两种颜色。