由于碧玺是一种天然的结晶体，在它的生成过程中受各种因素的影响，碧玺的颜色也会有所不同。碧玺中颜色尤其浓烈的称为蓝碧玺，价值也非常高，也是非常值得购买的一种。其中如同靛蓝染了一般的蓝色碧玺称之为“深蓝碧玺”，它区别于其他蓝碧玺，价值更高。但不要误认为深蓝碧玺以外的蓝碧玺就会降低一个档次，在蓝碧玺中，如果它呈现不带黑色的浓烈蓝色且透明度很高，价值一样很高。

除了看颜色外，当然还要根据切工，透明度以及重量进行挑选。切工是决定着碧玺的火彩，也在一定程度上决定了碧玺的价值。碧玺的切工等级划分可以钻石的标准作参照。

很多碧玺里含有大量的杂质和冰，一般净度越高的蓝颜色越好。基于肉眼观察，碧玺的净度可以划分为极难见、难见、可见、易见、极易见，其中一、二级为优质宝石级。净度高的碧玺极其罕见，优质的碧玺净度可以大大的提升碧玺的价值。

透明度，也是决定优质碧玺的首要条件，更是反映碧玺价值的重要标准。在肉眼观察下，碧玺的透明度一般划分为透明、亚透明、半透明、亚半透明、不透明五级。以红碧玺为例，只有一、二级红宝石才能称得上是优质宝石级。而市场上一些红碧玺，颗粒很大价格却很便宜的，就是因为其透明度达不到宝石级。

最后则是质量，根据质量，碧玺的等级分为1～2克拉，3～5克拉，5～10克拉，其价值以5克拉为数量级依次倍增。其中，15克拉以上的碧玺最受青睐，也最具收藏价值。