绿松石阴雨天颜色变深的情况是会出现的，这是因为天然绿松石遇水变色。由于绿松石是由多种矿物组成的宝石，而且在其形成过程中，掺入了很多杂质。所以绿松石的质地很不均匀，致密程度也有很大的差别，这就导致了绿松石内部多孔隙。因此，绿松石具有很强的吸水性。因此在绿松石的真假鉴定方面，便利用了这个特性，发明出了绿松石泡水的鉴定法。

但是泡水鉴定这种检验方法有很大的局限性。首先对天然绿松石来说，其实并不是所有的都会浸水变色。只有那些质地松散的绿松石在浸水过后才会变色，而那些高密度的绿松石因为质地紧密，是不会吸水也不会变色的。而且完全干燥的绿松石和平常有水份保养的绿松石，在经过浸水试验后的变化也是不一样的。

绿松石变色是一个正常的现象。绿松石本身有一些很小的孔隙，当我们佩戴时身体里的油脂会渗入绿松石里面，致使松石变色。有人曾做过一个对比：在自己的菩提上搭配一颗高瓷蓝松石顶珠，腰珠和佛头虽然用的不是高瓷的，但也经过了抛光工艺，品质也算不错的松石。经过两个月的佩戴之后，佛头和腰珠已经出现了明显的变色，而顶珠却依旧和刚买时几乎一样。松石变色是自然反应，是不可避免的，但在选购时万不可认为会变色的松石就是好松石，只能说明它是没有经过注胶或优化的天然松石而已，所以不要把会不会变色当成挑选好松石的唯一标准。